福建医科大学具有较早开展卫生管理教学科研与人才培养的历史。1985年即开办卫生干部专修班，1999年成立卫生管理教研室，2001年设立公共事业管理本科专业，2010年6月成立校卫生政策研究中心，2019年2月成立卫生健康研究院。2020年与福建省医疗保障局合作成立“福建省医疗保障研究院”。为积极响应国家战略需求，服务区域经济社会发展，进一步优化和拓展学科布局，强化公共管理学科建设，2022年6月由卫生健康研究院、公共卫生学院卫生管理学系及卫生法学与卫生政策学系合并成立卫生管理学院。
学院现有卫生管理学系、卫生政策学系、医保管理学系（筹建）、MPA 教育中心、实验（案例）教学中心。拥有福建省高校特色新型智库——福建省医疗改革与发展研究中心、福建省高校人文社科基地——健康福建研究中心、福建省政府发展研究中心智库成员单位、福建省新型智库建设领导小组办公室的省重点智库培育单位等4个省级科研平台。与卫生健康研究院、福建省医改研究会秘书处合署办公，形成“一会两院”运行管理模式。
学院锚定公共管理领域医药卫生管理人才的培养，当前设置公共事业管理、医疗保险（拟申报）等本科专业，拥有公共管理一级学科硕士学位授权点、人文医学学术型硕士学位授权点、公共管理硕士（MPA）专业学位授权点。在我校公共卫生与预防医学一级学科博士学位授权点下，设有“卫生政策与管理”二级学科。公共管理为省级重点学科，公共事业管理专业为省级一流本科专业建设点，与西澳大利亚大学合作开展公共事业管理专业本科生联合培养项目。学院拥有福建省卫生健康委员会、福建医科大学附属第一医院、福建医科大学附属协和医院、福州市医保局等十余家实习基地，迄今共培养本科学生18届1700多人，研究生15届100余人。已构筑起以本科教育为基础、以研究生培养为重点，本、硕、博一体的卫生管理人才培养体系。
学院现有教职员工35人，其中正高4人，副高15人，具有博士学位教师14人，专兼职硕士生导师18人。学院聘请北京大学李玲教授等7位专家为顾问，有2位闽江学者讲座教授人选，省市卫健、医保、公立医院以及各医类学会80多位专家为学院兼职研究员。学院坚持教学、科研、社会服务融合，相互促进，共同发展。近三年，教师主编或参编教材十部，2次分获全国、省级教学竞赛一等奖，发表科研论文130余篇，主持科研课题100余项，其中国家级课题3项，教育部课题1项，省级课题17项，累计获得横向课题经费600多万元。
未来，学院将坚持高起点规划、高水平建设、高质量发展，着力引进和聚集高水平卫生管理师资队伍，打造一流学科专业和高端智库，致力于卫生健康政策与管理领域人才教育与培训、科学研究与咨询的协同发展，培养适应福建卫生事业发展需要的应用型、复合型卫生管理人才，建成特色鲜明的国内外有较大影响力的卫生管理学院。